Ces écosystèmes peuvent être rangés dans deux grandes catégories : les écosystèmes pélagiques (colonne d'eau) et les écosystèmes benthiques (plancher océanique).
En dessous de cette profondeur, la biomasse des organismes pélagiques décroît exponentiellement et la diversité des espèces semble aussi diminuer régulièrement.
La zone de pêche en eau profonde, plus vaste (environ 73 000 kilomètres carrés) abrite des espèces de poissons pélagiques migrateurs (thons, voiliers et espadons).
Elles ont recommandé à leurs gouvernements de poursuivre la recherche scientifique en vue d'améliorer la connaissance des espèces pélagiques les plus importantes de cette zone.
La capture fortuite d'oiseaux marins lors de pêches dirigées de légine australe, une espèce de poisson pélagique, est un problème particulier aux pêcheries de l'Antarctique.